时空日报第1期。
《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目，以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。
(相关资料图)
2023年6月26日，追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计6篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，辅以人工审核，供了解参考。
1：单细胞多组学时代的基因调控网络推断
Gene regulatory network inference in the era of single-cell multi-omics
Nature Reviews. Genetics; IF: ; DOI: /s41576-023-00618-5
内容概要：回顾了基因调控网络（gene regulatory network，GRN）的关键原则，包括来自转录组学和染色质可及性数据的转录因子-基因相互作用，并重点讨论了使用单细胞多模态数据的方法的比较和分类，强调了GRN推断中的挑战和使用其他数据模式的进一步发展。
2：脊髓损伤：分子机制和治疗干预
Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions
Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: ; DOI: /s41392-023-01477-6
内容概要：综述了脊髓损伤（spinal cord injury，SCI）的流行病学和病理生理学，介绍了神经再生和神经回路重建的最新研究进展，并提出了SCI修复和临床应用的未来方向。
3：单细胞转录组学和表观基因组学揭示单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用
Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis
Nature Communications; IF: ; DOI: /s41467-023-39210-0
内容概要：应用scRNA-seq和scATAC-seq分析来自11例受试者（涵盖3种主要神经母细胞瘤亚型）的骨髓抽吸物，并将其与5例年龄匹配且无转移的骨髓进行比较，发现神经母细胞瘤肿瘤细胞通过巨噬细胞迁移抑制因子和midkine信号重构骨髓微环境，特别是单核细胞，其具有M1和M2特征，并表达肿瘤促进因子，类似于肿瘤相关巨噬细胞。
4：长链非编码RNA MALAT1在肿瘤集体侵袭期间的前导细胞中受到动态调节
Long noncoding RNA MALAT1 is dynamically regulated in leader cells during collective cancer invasion
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: ; DOI:
内容概要：使用双重锁定核酸（locked nucleic acid，LNA）纳米生物传感器追踪长链非编码RNA（lncRNA）在单个活细胞中的动态变化，发现在肿瘤集体侵袭过程中，lncRNA转移相关肺腺癌转录本1（MALAT1）在前导细胞中受到动态调节。
5：用于探索胃肠道组织转录组的空间单细胞技术
Spatial single-cell technologies for exploring gastrointestinal tissue transcriptome
Comprehensive Physiology; IF: ; DOI:
内容概要：介绍了空间单细胞技术在探索胃肠组织转录组方面的应用，总结了空间转录组学领域的最新进展，并讨论了这些技术如何促进我们对胃肠道生理学的理解。
6：一种新的计算方法可以基于scRNA-seq数据实现人类造血过程中的RNA编辑模块分析
A novel computational method enables RNA editome profiling during human hematopoiesis from scRNA-seq data
Scientific Reports; IF: ; DOI: /s41598-023-37325-4
内容概要：开发了一种新的计算方法来系统地从scRNA-seq数据中识别细胞类型的RNA编辑位点，并将其应用于人类造血干/祖细胞的scRNA-seq数据来研究RNA编辑对造血过程的影响，揭示了RNA编辑可能在造血过程中发挥多个调节模块的作用。
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